少年三国志2的故事背景设定相较于前作实现了从传统历史演绎到时空穿越叙事的根本性转变。前作的故事更侧重于在一个相对传统的三国框架内展开，而续作则构建了一个更具现代感和奇幻色彩的原创世界观。玩家在游戏内扮演一名在时空局实习的少年，因为三国时代的突发混乱而进入三国世界，却意外与同伴走散，为了回到现代世界而不得不在这个三国世界闯荡，并遭遇了一系列的神秘事件。这种穿越题材的引入，为游戏剧情提供了更大的展开空间，使得三国历史与外部力量的干预、主角的现代身份产生了直接的冲突与融合，其核心矛盾从诸侯争霸转变为维护历史正轨与对抗神秘破坏力量，故事的命运感也更为强烈地落在了玩家所扮演的这名少年手中。
两代作品也存在显著差异。前作的剧情推进主要依附于主线副本，玩家视角相对固定。而少年三国志2在继承主线穿越剧情的基础上，创新性地加入了名将传这一独立的剧情副本模式。该模式与主线剧情及主角等级战力无关，允许玩家脱离自身角色，化身成为刘备、赵云等特定的三国历史名将，去亲历和体验这些人物经典的生涯片段与战役。这种设计打破了单一的线性叙事框架，通过碎片化叙事让玩家能够从多个人物视角探索三国，不仅丰富了剧情维度，也极大地增强了游戏过程的沉浸感与角色代入感。
游戏的整体视觉表现与技术呈现是区分两代作品的直观标志。前作在画面和角色表现上有其时代特点，而续作在此基础之上进行了全面且显著的技术升级。游戏邀请了知名画师参与人物立绘创作，角色设计更为精致且富有国漫画风。开发团队采用了Spine动画技术对武将进行动态化处理，这使得角色在战斗和展示时的动作更加流畅自然，细节更为丰富逼真，脱离了前作相对静态的卡牌呈现方式。游戏从竖版界面改为横版操作，战斗视角更为开阔，技能特效尤其是合击技的全屏动画效果也带来了更强的视觉冲击力，整体画面表现力实现了世代级的跨越。
围绕故事背景与叙事革新，游戏的玩法系统也进行了相应的扩展与深化。前作的阵容与合击技能体系相对固定，而少年三国志2引入的兵符系统是一项核心机制创新。这一系统改变了合击技能必须依赖固定武将组合触发的传统模式，允许玩家在阵容搭配上拥有更高的自由度和策略性，可以通过搭配不同的兵符来激活多样的合击效果，从而在战斗策略层面提供了更丰富的选择。与名将传模式相配套的，游戏还加入了具备自由探索元素的奇遇任务系统，玩家在探索过程中可以触发隐藏道具与特殊剧情，这进一步强化了游戏除了战斗之外的探索与解谜乐趣。
其故事内核从历史演义转向了穿越冒险，并通过名将传模式提供了多元的历史体验入口。支撑这一全新故事体验的，是大幅升级的视觉动画技术和提供更高自由度的兵符等玩法系统。这些变革共同使得续作的世界观更为宏大，玩家的沉浸角色更为多样，整体游戏体验相较于前作也显得更加立体和多元化。
