全民奇迹多三中的副本系统是游戏核心玩法之一，包含剧情副本、日常副本、组队副本和万魔塔等多种类型。剧情副本作为主线任务，贯穿游戏玩家通过挑战骷髅王殿、仙踪秘境、冰后大殿等地图推进剧情，同时获取基础装备、祝福宝石和灵魂宝石。不同难度模式（普通、精英、炼狱）对应不同奖励，三分钟内通关可解锁快速扫荡功能。日常副本则分为经验副本和金币副本，前者每日三次挑战机会，后者每日一次，均需注意转生后副本刷新机制，避免资源浪费。
组队副本强调团队协作，通关后奖励声望、成就、晶石及大量经验，职业搭配与沟通是关键。法师的群攻技能与战士的防御能力需合理配合，同时利用复活石等道具保障生存。万魔塔作为爬塔玩法，从第一层开始逐层挑战，层数越高怪物强度越大，奖励包括羽毛、神鹰火种等稀有道具，但需注意每层时间限制。该玩法对玩家属性要求较高，建议命中达7000以上、战力25万左右再尝试高层挑战。
副本地图设计各具特色，如剧情副本中的戈登王殿采用宫殿结构，而万魔塔每层场景独立且充满层次感。日常副本的圆形地形可利用卡位技巧聚怪，法师黑龙波引怪后集中输出可提升效率。炼狱难度副本需手动操作，依赖走位和技能释放时机，例如巴洛克王室副本需熟悉BOSS攻击模式，躲避红圈范围技能后再反击。战力不足时可通过提升翅膀等级、使用VIP加成或参与古战场活动增强实力。
成就系统与副本进度紧密关联，完成特定副本挑战可解锁成就点，兑换额外奖励。高阶副本如天魔圣殿存在卡位技巧，将BOSS拉至特定坐标（如07.26）后快速移动至04.21可规避部分伤害，但需注意AOE技能无法完全躲避。玩家应优先刷取每日重置的副本资源，再逐步攻略高难度内容，同时关注游戏内活动，如十周年庆典可能开放限时副本或双倍奖励。
