哈利波特魔法觉醒的主线事件主要发生在霍格沃茨魔法学校及其周边区域，包括对角巷、禁林、霍格莫德村等经典场景。游戏时间线设定在原著霍格沃茨大战十年后，玩家以一年级新生身份入学，从收到录取通知书开始，逐步体验购买魔杖、分院仪式等标志性事件，最终揭开魔法世界的新谜团。主线剧情与宝箱进度挂钩，需通过完成课堂、决斗等日常活动解锁后续内容。
主线任务初期集中在校园内部，玩家需在四大学院公共休息室完成与角色成长相关的任务，包括学习漂浮咒、对抗博格特等魔法课程。随着剧情推进，任务场景延伸至禁林，这里栖息着马人、独角兽等神奇生物，也是玩家组队挑战高难度副本的主要场所。图书馆禁书区的无名之书系统允许玩家以哈利视角重温原著经典剧情，如保卫魔法石、解救小天狼星等关键事件。
对角巷和霍格莫德村作为重要支线场景，承担着装备购置和社交功能。玩家可在奥利凡德魔杖店获取专属魔杖，在魁地奇精品店购买扫帚。霍格莫德的蜂蜜公爵糖果店和三把扫帚酒吧则提供了与NPC互动的重要节点。这些场景通过欧式复古绘本风格呈现，高度还原了原著中魔法商业区的风貌。
后期主线涉及伦敦魔法部等校外区域，玩家需调查威胁魔法世界的新危机。任务设计融合卡牌对战与RPG元素，如使用呼神护卫对抗摄魂怪、配置魔药解除诅咒等。关键剧情节点设有选项分支，玩家的选择可能影响故事走向。无名之书副本中的密室开启、狼人决战等关卡需要特定卡组搭配和战术操作。
游戏通过动态卡牌彩蛋、魔杖特性系统等机制增强叙事沉浸感。每张战斗卡牌都附有原著名场面描述，魔杖木材与杖芯的组合会随玩家成长产生特性变化。主线中与麦格校长、海格等经典角色的互动，进一步强化了魔法世界的真实感。
